El museo está dividido en cinco niveles. El primer nivel acoge la sala capitular que hace referencia a la entrega de las tierras de Totana a la Orden de Santiago. El segundo nivel es el coro de la iglesia, donde se muestra el artesonado mudéjar del templo y la explicación de sus capillas. El siguiente nivel es el conocido como ¿cuarto de los novios¿, que era la antigua casa del campanero, donde se muestra el reloj antiguo de la torre, cuyo sonido ha marcado la vida del pueblo. El cuarto nivel no es visitable, ya que contiene el actual reloj actual. Y el último nivel es el campanario, donde se encuentra la segunda campana más antigua de la Diócesis, que data de 1470, con curiosidades que tan sólo los visitantes podrán descubrir.