Diversas capillas completan su estructura. Comenzaron a construirse a partir de 1580, siendo una de las más relevantes: la de San Ildefonso (1580), en la que destaca el retablo de la imposición de la casulla por los ángeles al santo titular (tallado en madera). Es, éste uno de los pocos retablos renacentistas de la Región de Murcia que, dedicado a la advocación de San Ildefonso fue encargado para engrandecer la capilla familiar del regidor Alonso Ramos. Otra interesante capilla es la de Ntra. Sra. del Rosario (1664), cuyo primitivo retablo fue realizado por Antonio Caro, conviene visitar también la del Bautismo, la de San Antonio Abad y la de los Dolores.

Este templo alberga una magnífica techumbre mudéjar realizada por el lorquino Esteban Riberón.

En el altar mayor se encuentra un retablo barroco (1672) con columnas salomónicas, en cuya decoración destacan las hojas de parra. Es obra de Antonio Caro "El Viejo".

En su interior podemos contemplar imágenes de destacado valor artístico y religioso, sobresale la de Santa María Magdalena, atribuida a Francisco Salzillo. La talla del titular Santiago, patrón de Totana, es obra de González Moreno. En 1780 se construyó el camarín donde se ubica esta hermosa escultura.

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Construido en su núcleo fundamental durante la primera mitad del XVI para abordar las demandas producidas por el aumento demográfico. Se consagró en julio de 1567 a la advocación del apóstol Santiago según traza del maestro mayor de la Diócesis, Jerónimo Quijano. Fue ejecutado por alarifes locales y de la vecina ciudad de Lorca.