El Museo Naval de Cartagena se ubica en la planta baja del edificio construido en el siglo XVIII como Cuartel de Presidiarios y Esclavos, que pasó a ser Cuartel de Instrucción de Marinería tras la Guerra Civil. En 2005, gracias a la firma de un convenio entre el Ministerio de Defensa y la Comunidad Autónoma es remodelado para acoger una de las sedes de la Universidad Politécnica de Cartagena, reservando parte de sus bajos al Museo Naval.
En el año 2013, el museo se amplía con la inauguración de la Sala Isaac Peral en el antiguo Taller de Calderería del Arsenal. Tras la rehabilitación de la nave, el Submarino Peral se traslada desde el paseo marítimo para acometer su restauración y garantizar su adecuada exposición al público, convirtiéndose en la pieza principal del museo. En el mismo espacio se exhibe el Legado de Isaac Peral, que contextualiza la importante contribución del marino cartagenero a la historia científica y militar.

La colección, compuesta por más de 3000 fondos, ofrece un recorrido por la historia de la Armada en la ciudad de Cartagena y está dividida en las siguientes áreas temáticas:

- Construcción naval
- Navegación
- Artillería naval y armas portátiles
- Sanidad naval
- Banderas y uniformes
- Pintura naval
- Infantería de marina
- Buceo
- Armas submarinas
- Sala Isaac Peral

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