En el siglo XVII el Concejo de la ciudad decide crear una nueva plaza a la que se dará el nombre del convento de La Merced - hoy en día desaparecido- que a ella se asomaba. Al ser la más espaciosa de la ciudad en ella se celebraban los eventos con mayor afluencia de público, como la desaparecida Feria de Agosto y desde 1761 sigue celebrándose el Encuentro de Semana Santa, uno de los momentos más importantes de esta celebración declarada de Interés Turístico Internacional.

En 1878 fue totalmente remodelada, con diseño de D. Eugenio de la Garaganza, Ingeniero Jefe de los Plantíos y Jardines de Madrid, ateniéndose a las necesidades del clima, especificando el tipo de riego y recomendando como especies botánicas plantas tropicales, como las araucarias o pino de Norfolk y los ombúes de impresionantes raíces que todavía la adornan.  

Tras varias remodelaciones, en 1926 se  incorpora la escultura homenaje al Comandante Villamartín, militar cartagenero que ha pasado a la historia por ser el autor de varias obras que, dentro del pensamiento histórico-militar, lo colocan al nivel de las grandes figuras internacionales, siendo todavía contenido de estudio en las academias militares.

Desde 1901 embellece la plaza la arquitectura modernista del Palacio Aguirre, construido por Víctor Beltrí para casa familiar del rico minero. Del edificio destaca el eje desde el que se despliegan las dos fachadas, con una torre en esquina y un mirador en el primer piso. La cubierta de escamas de cerámica vidriada de la torre, y la decoración cerámica en la parte superior de la fachada, con motivos vegetales e infantiles de aire rococó, le aportan vivacidad decorativa y colorista. En su última remodelación el Palacio Aguirre se conexionó internamente con el edificio colindante, siendo actualmente sede del Museo Regional de Arte Moderno – MURAM.

La historia de este espacio se enriquece con los hallazgos arqueológicos recientes que permanecen visibles hasta su futura puesta en valor. Sus paneles explicativos informan de cómo en época antigua por aquí discurría el Decumano Máximo, calzada de entrada a la ciudad en época augústea, un posible ninfeo de carácter monumental y bajo él, restos de una casa púnica, sobre la que las primeras hipótesis arqueológicas, muestran los signos del momento de la conquista romana de la ciudad, a manos de las tropas de Escipión.

Desde la plaza arranca un nuevo espacio verde, resultado de las recientes reformas urbanísticas del entorno, que sirve de acceso y transición entre la zona baja de la Plaza de la Merced y el área más elevada del nuevo Campus Universitario. Nace así el Boulevard José Hierro, en honor al gran poeta y Premio Cervantes que pasó largas temporadas de su vida en nuestra ciudad. Este boulevard, tiene un concepto contemporáneo, donde además de solaz y descanso se puedan realizar otro tipo de actividades, que alberga especies vegetales del lugar o las que ya están adaptadas a las condiciones locales, pues tienen menos necesidades de mantenimiento y a la vez cuenta con una mayor valoración social.